株式譲渡と事業譲渡の違いとは？M&Aや事業承継時に気を付けるべきポイントを解説

M&Aや事業承継の場面では、会社や事業の譲渡方法として主に「株式譲渡」と「事業譲渡」の2つの方法があります。しかし、「どちらを選べばよいのか？」「どう違うのか？」と疑問を感じている経営者の方やご担当者様も多いのではないでしょうか。

株式譲渡と事業譲渡では、譲渡対象・手続き・税務面・法的リスクなどにそれぞれ特徴があり、目的や状況によって最適な選択肢が異なります。

M&Aの法的手段はさまざまありますが、そのなかでも一般的に多いとされる「株式譲渡」と「事業譲渡」について詳しく紹介します。

株式譲渡とは？
株式譲渡のメリット
株式譲渡の注意点
事業譲渡とは？
事業譲渡のメリット
事業譲渡の注意点
株式譲渡と事業譲渡の注意点まとめ
株式譲渡か事業譲渡か迷ったら専門家に相談しよう

株式譲渡とは？

株式譲渡とは、譲渡対象会社の株主が所有する株式を、買収する企業に譲渡することによって支配権を譲り渡す手法です。譲渡対象会社の株主は、譲渡の対価として現金を受け取ります。

株式譲渡のメリット

株式譲渡は、会社の「株式（所有権）」そのものを買主に譲渡する方法です。
会社そのものは変わらず存続するため、事業運営や社内外の関係性への影響が比較的小さいという特徴があります。主なメリットは以下の通りです。

① 会社の契約関係や許認可が原則そのまま引き継がれる

株式譲渡は会社自体は継続するため、以下のものは通常変更不要です。

取引先との契約（売買契約、リース契約など）
金融機関との融資契約
各種許認可（業種による）

このため、手続きコストや負担が比較的少なく、事業の継続性が確保されやすいメリットがあります。

② 従業員の雇用関係がそのまま維持される

株式譲渡では、会社の雇用主自体は変わらないため、従業員との雇用契約も継続されます。そのため、労務リスク（退職リスクなど）が低減し、社内の安定性を保ったまま承継しやすい点が大きなメリットです。

③ 会社全体を一括して譲渡できる（包括的な譲渡）

株式譲渡では、会社の資産・負債・知的財産・契約関係などすべてを一括して譲渡できます。
事業譲渡のように個別に移転手続きが必要な項目が少ないため、スピーディーかつ包括的なM&Aが可能になります。

④ 経営者（売主）側の税務上の取り扱いが比較的シンプル

株式譲渡の場合、譲渡所得税（キャピタルゲイン課税）が適用され、税務処理が比較的わかりやすいといわれています。事業譲渡に比べて複雑な税務調整が少なく、売却後の資金計画が立てやすい点も経営者にとってのメリットです。

⑤ 売主が全株式を譲渡すれば経営から完全に離れられる

全株式を譲渡する形で売却が成立すれば、売主（元経営者）は完全に経営から手を引くことが可能です。責任の所在が明確化され、次のキャリアや引退後の生活設計をしやすくなります。

株式譲渡の注意点

株式譲渡を行う際にはいくつか注意点があります。

① 負債やリスクの引継ぎ

株式譲渡では、売り手企業の負債や訴訟リスクもそのまま引き継がれます。負債の規模や内容、法的な問題がないか、デューデリジェンス（法務・財務・税務調査）で徹底的に確認する必要があります。

② 企業文化の違いと統合

買い手企業と売り手企業の文化や経営方針の違いにより、統合後の人員や業務に支障が出ることがあります。従業員への説明や円滑なコミュニケーションを図り、統合プロセスを丁寧に進めることが重要です。

③ 既存の契約・取引関係の確認

株式譲渡では既存の契約や取引関係がそのまま引き継がれるため、現在の契約内容やそのリスクについても事前に把握しておく必要があります。特に大口取引先との契約や依存度が高い取引は注意が必要です。

④ 税務上の影響

株式譲渡では、売り手に株式譲渡益課税が課されます。特に株主が個人の場合、譲渡益に対する所得税や住民税の課税が大きくなる可能性があるため、税負担を把握しておくことが重要です。

⑤ 重要従業員や経営陣の流出リスク

譲渡後に、経営陣やキーパーソンとなる社員が流出するリスクがあるため、報酬やポジションについて事前に確認し、適切な引き止め策を検討しておくことが求められます。

事業譲渡とは？

事業譲渡とは、譲渡対象会社の事業の一部または全部を売却する手法です。譲渡の対象となるものは株式ではなく、特定の資産（特許・ブランド・製品・設備・不動産など）となります。ここで言う事業は、たんに事業用の財産だけでなく、得意先やノウハウなど、いわゆる「のれん」を含んだものです。

事業譲渡のメリット

事業譲渡は、会社の特定の事業単位（事業資産・契約・従業員など）を選択的に譲渡する方法です。
会社そのものは存続しつつ、譲渡対象とする事業だけを切り出して承継できるのが特徴です。主なメリットは以下の通りです。

① 譲渡対象を柔軟に選べる（事業単位で選択可能）

事業譲渡では、譲渡対象を個別に選定できるため、

採算の良い事業のみを譲渡
不要な資産・負債は残す
特定の契約や従業員のみ承継する

など、譲渡する側・受ける側の意向を反映しやすい柔軟性があります。

② 不要なリスクや負債を切り離せる

株式譲渡ではすべての資産・負債が一括承継されるのに対し、事業譲渡では不要な負債・リスクを譲渡対象から外せるため、

簿外債務や偶発債務
将来的な訴訟リスク
取引関係上の問題資産

などを引き継がずに済むという大きなメリットがあります。

③ 会社全体は存続できる（法人格はそのまま）

譲渡元企業（売主）は会社自体は存続するため、

残したい事業を引き続き自社で運営可能
法人格を維持したまま別の事業に再編できる

といった経営の選択肢が広がるという特徴があります。
※株式譲渡では経営権が完全に移転してしまうのに対し、事業譲渡は必要な事業だけを譲り渡す手段となります。

④ 受け手側にとっては「欲しい事業だけ取得」できる

買主側にとっても「自社にとって必要な事業だけ取得できる」というメリットがあります。

他事業の負債やリスクを負わずに済む
必要な人材・ノウハウ・顧客基盤だけ引き継げる
買収後の統合がスムーズに進めやすい

特に異業種のM&Aや部分事業買収の場合には、事業譲渡が適しているケースが多いです。

⑤ 許認可の再取得や再契約を通じて整理ができる

一見デメリットにも思われがちな「許認可や契約の再取得・再締結」も、ケースによってはメリットになります。

不要な契約や古い契約を整理できる
取引関係や事業運営をスリム化できる

といった事業再構築の好機になる場合もあります。

事業譲渡の注意点

事業譲渡を行う際にもいくつか注意点があります。

① 契約やライセンスの再取得手続き

事業譲渡の場合、個別に契約の引き継ぎが必要となり、契約相手やライセンス元の同意が必要になる場合があります。また、取引先や従業員への通知義務も発生するため、手続きが煩雑になることがあるため注意が必要です。

② 譲渡範囲の特定

事業譲渡では引き継ぐ資産や負債、従業員、契約などを個別に選定するため、どこまでを譲渡対象とするか明確にする必要があります。譲渡対象の範囲が曖昧だと、買い手が期待していたリソースが取得できない可能性があります。

③ 従業員の雇用継続と労働契約

従業員を事業ごとに引き継ぐ場合、新たな労働契約を締結し直す必要があります。これにより、給与や福利厚生の変更が必要になる場合があるため、労務面でのトラブルを回避するための準備が必要です。

④ 税務上の取扱い

事業譲渡では売り手側の法人に譲渡益に対する法人税が発生します。さらに、買い手側は資産取得に伴う償却が可能ですが、譲渡対価が大きい場合には税務上の計画を立てる必要があります。

⑤ 許認可の再取得が必要な場合

許認可が必要な業種の場合、事業譲渡後に新たな許可申請が必要になることがあります。許認可を取得するまで事業が開始できないケースがあるため、再取得手続きに関する確認が必要です。

株式譲渡と事業譲渡の注意点まとめ

項目	株式譲渡の注意点	事業譲渡の注意点
リスクの引継ぎ	負債や法的リスクも含めて包括的に引き継ぐ	必要な資産や契約のみを選択的に引き継ぐ
契約・ライセンス	自動的に引き継がれる	契約相手やライセンス元の同意が必要
従業員の雇用	経営陣・重要従業員の流出リスク	労働契約の再締結が必要で労務面での手続きが発生する
許認可	既存許認可を引き継ぎ可能	新たな許認可が必要な場合がある
税務上の影響	株主に譲渡益課税が課される（個人株主の場合は特に注意）	法人に対する譲渡益課税が発生し、買い手側は償却可能